引起男性尿道裂纹的原因1:激素因素在睾丸中产生的激素影响男性外生殖器的形成，其形成约在胚胎第14周完成。这个发育过程需要双氢睾酮的刺激。双氢睾酮是由胎儿睾丸分泌的睾酮在5α-还原酶的作用下转化而来的。因此，在胎儿阴茎形成过程中，睾酮不足、过迟或睾酮转化为双氢睾酮的过程中发生异常可能导致生殖器畸形。
引起男性尿道下裂的原因2:遗传因素、尿道下裂的家庭倾向明显。尿道下裂患者中染色体畸形率明显高于正常人。也有人认为，与性别分化相关的基因突变，如雄激素受体基因(AR)和性别决定基因(SRY)突变和尿道下裂的关系密切。
男性尿道下裂的原因3:环境因素，研究发现怀孕初期使用孕酮保胎药和其他药等，冬天怀孕的胎儿尿道下裂的发生率高。
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